EGFR-geenin mutaatiotutkimus,

solunulkoinen (free) DNA

6378 B -EGFR-fD

Patologia

Tiedustelut

Tekniikka:
‎ 014 2691740 Molekyylibiologi

Vastaukset:
‎ 014 2691540 Osastonsihteerit

Indikaatio

Keuhkon ei-pienisoluisen karsinooman EGFR-tyrosiinikinaasiestäjän hoitovasteen arvioiminen.

Näyte

Näytteen lähettämiseen on kaksi vaihtoehtoa:

1. 3 x 6-10 ml EDTA, plasma erotetaan mahd. pian. Lähetettävä näyte n. 9 ml plasmaa pakastettuna.

2. 2 x 10 ml kokoverta cfDNA keräykseen tarkoitetuissa erityisputkissa (Esim. Streck Cell-Free DNA BCT) ilman pakastusta.

Näytteen mukaan liitetään lähete . Sairaalan omat plasma näytteet toimitetaan viivytyksettä molekyylipatologian laboratorioon (patologian yksikkö). Ulkopuolelta tulevat näytteet lähetetään pakastettuna (eroteltu EDTA plasma) tai kokoverenä huoneenlämmössä (Streck putket).

Lähetys: Keski-Suomen sairaala Nova, Molekyylipatologia, patologian yksikkö, Hoitajantie 3, 40620 Jyväskylä.

Näytteen käsittely

1. EDTA-putkista plasma tulisi erotella kokoverestä mahdollisimman pian (aikaviive enintään 2h) näytteenoton jälkeen. Verinäyte voidaan ottaa EDTA-putkeen.  Erottelun jälkeen plasmanäyte toimitetaan viivytyksettä molekyylipatologian laboratorioon. Mikäli plasmanäytettä ei voida toimittaa heti molekyylipatologian laboratorioon, tulee se jäädyttää mahdollisimman nopeasti ja säilyttää vähintään -20°C lämpötilassa. Jäädytetty plasmanäyte toimitetaan molekyylipatologian laboratorioon pakastettuna.

2. Vaihoehtoisesti verinäyte voidaan kerätä cfDNA keräykseeen tarkoitettuihin erikoisputkiin (Esim. Streck cfDNA tube), jolloin näyte voidaan lähettää kokoverenä normaali postissa (säilyvyys 1-2 viikkoa, putken valmistajasta riippuen). Putkia ei saa pakastaa.

Lähete

Tutkimuspyynnöt tehdään sähköisesti ja pyynnöstä ilmoitetaan patologian yksikköön joko faksaamalla pyyntölomake (014 2692865) tai soittamalla puhelinnumeroon 51340.

Sairaanhoitopiirin ulkopuolelta tuleva tutkimuspyyntö tehdään erillisellä lähetteellä .

Menetelmä

Solun ulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä. Menetelmällä voidaan osoittaa yleisimmät EGFR-mutaatot:

15 erilaista eksonin 19 deleetiota:

c.2235_2252>AAT
‎ c.2235_2249del15
‎ c.2236_2250del15
‎ c.2238_2252>GCA
‎ c.2238_2255del18
‎ c.2239_2253>CAA
‎ c.2239_2251>C
‎ c.2239_2258>CA
‎ c.2239_2252>CA
‎ c.2239_2256del18
‎ c.2239_2248TTAAGAGAAG>C
‎ c.2239_2253del15
‎ c.2239_2247delTTAAGAGAA
‎ c.2240_2254del15
‎ c.2240_2257del18

 Pistemutaatiot:

c.2573T>G (aminohappomuutos p.L858R)
‎ c.2369C>T (aminohappomuutos p.T790M)
‎ c.2582T>A (aminohappomuutos p.L861Q)

Tulkinta/lausunto

Tutkimuksesta annetaan lausunto noin kahden viikon kuluessa näytteen saapumisesta. EGFR-geenin tyrosiinikinaasialueen mutaatioita tunnetaan ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä noin 30 erilaista. Keuhkon ei-pienisoluisiin karsinoomiin liittyy 10-30 % tapauksista aktivoiva EGFR-tyrosiinikinaasin mutaatio, joka yleensä ennustaa parempaa hoitovastetta. Tyrosiinikinaasiestäjähoito valitaan EGFR-geenin mutaatiostatuksen mukaan. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

Huomautuksia

Mikäli  eroteltua plasmanäytettä aiotaan säilyttää pidempiaikaisesti ennen tutkimukseen lähettämistä, suositellaan säilytyslämpötilaksi -80°C.