KRAS-geenin mutaatiotutkimus,

solunulkoinen (free) DNA

6377  B -KRAS-fD

Patologia

Tiedustelut

Tekniikka:
‎ 014 2691740 Molekyylibiologi

Vastaukset:
‎ 014 2691540 Osastonsihteerit

Indikaatio

Metastasoinut kolorektaalisyöpä, keuhkosyöpä.

Näyte

Näytteen lähettämiseen on kaksi vaihtoehtoa:

A. 3 x 6-10 ml EDTA, plasma erotetaan mahd. pian. Lähetettävä näyte n. 9 ml plasmaa pakastettuna.

B. 2 x 10 ml kokoverta cfDNA keräykseen tarkoitetuissa erityisputkissa (Esim. Streck Cell-Free DNA BCT) ilman pakastusta.

Näytteen mukaan liitetään lähete . Sairaalan omat plasma näytteet toimitetaan viivytyksettä molekyylipatologian laboratorioon (patologian yksikkö). Ulkopuolelta tulevat näytteet lähetetään pakastettuna (eroteltu EDTA plasma) tai kokoverenä huoneenlämmössä (Streck putket).

Lähetys: Keski-Suomen sairaala Nova, Molekyylipatologia, patologian yksikkö M-1, Hoitajantie 3, 40620 Jyväskylä.

Näytteen käsittely

A. EDTA-putkista plasma tulisi erotella kokoverestä mahdollisimman pian (aikaviive enintään 2h) näytteenoton jälkeen. Verinäyte voidaan ottaa EDTA-putkeen.  Erottelun jälkeen plasmanäyte toimitetaan viivytyksettä molekyylipatologian laboratorioon. Mikäli plasmanäytettä ei voida toimittaa heti molekyylipatologian laboratorioon, tulee se jäädyttää mahdollisimman nopeasti ja säilyttää vähintään -20°C lämpötilassa. Jäädytetty plasmanäyte toimitetaan molekyylipatologian laboratorioon pakastettuna.

B. Vaihtoehtoisesti verinäyte voidaan kerätä cfDNA keräykseeen tarkoitettuihin erikoisputkiin (Esim. Streck cfDNA tube), jolloin näyte voidaan lähettää kokoverenä normaali postissa (säilyvyys 1-2 viikkoa, putken valmistajasta riippuen). Putkia ei saa pakastaa.

Lähete

Tutkimuspyynnöt tehdään sähköisesti ja pyynnöstä ilmoitetaan patologian yksikköön joko faksaamalla pyyntölomake (014 2692865) tai soittamalla puhelinnumeroon 51340.

Sairaanhoitopiirin ulkopuolelta tuleva tutkimuspyyntö tehdään erillisellä lähetteellä .

Menetelmä

Solunulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä. Menetelmällä voidaan osoittaa seitsemän yleisintä KRAS-geenin aktivoivaa mutaatiota (p.Gly12Asp, p.Gly12Val, p.Gly12Cys, p.Gly12Ala, p.Gly12Ser, p.Gly12Arg, p.Gly13Asp), mutta tutkimus ei erottele näitä toisistaan. Mikäli KRAS mutaatio p.Gly12Cys (p.G12C) halutaan määrittää erikseen, tulee se mainita lähetteessä.

Tulkinta/lausunto

Tutkimuksesta annetaan lausunto. 

Huomautuksia

Mikäli plasmanäytettä aiotaan säilyttää pidempiaikaisesti ennen tutkimukseen lähettämistä, suositellaan säilytyslämpötilaksi -80°C.