TUTKIMUSOHJE

Patologia

10113 Ts-RNAfuus

 

NGS-geenipaneelitutkimus tiettyjen kliinisesti merkittävien fuusiogeenien osoittamiseksi kudosnäytteestä

 

TIEDUSTELUT

Tekniikka:
014 2691740
Molekyylibiologi

Vastaukset:
014 2691540
Osastonsihteerit

 

INDIKAATIO

ALK, BAG4, BRAF, CCDC6, CD74, CIAO1, COPA, CUX1, EGFR, EML4, ETV6, EZR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GOPC, HIP1, KIF5B, KLC1, LRIG3, MET, MPRIP, MRPS14, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RAD51, RET, ROS1, SDC4, SLC34A2, STRN, TACC3, TFG, TPM3, TPR, TRIM33 ja UBE3C geenifuusioiden ja MET eksonin 14 skipping mutaation osoittaminen kudosnäytteestä.

 

NÄYTE

Patologian laboratorioon arkistoitu parafiiniblokki. Erillistä näytettä ei tarvita.

Jos tutkimuspyyntö on sairaanhoitopiirin ulkopuolelta, näytteeksi lähetetään parafiiniblokki ja sitä vastaava HE-lasi. Jos blokkia on leikattu paljon HE:n jälkeen, pyydetään blokista värjäämään uusi HE-lasi, joka vastaa blokin nykytilannetta. Näytteen edustavuuden arvioimiseksi on tärkeää, että käytettävissä on blokkia parhaiten edustava HE-lasi. Lähetteessä on syytä erikseen mainita, jos lähetettävä näytelasi ei edusta blokista viimeksi leikattuja näytteitä.

Lähettävän laboratorion patologi tekee arvion näytteen/leikkeen kasvainsolujen määrästä ja merkitsee edustavan kasvainkohdan lähetettävään HE-lasiin. Näytteen mukaan liitetään lähete, johon arvio kasvainsolujen määrästä kirjataan. Näyte lähetetään huoneenlämmössä.

Lähetys: Keski-Suomen sairaanhoitopiiri, Molekyylipatologia, Patologian osasto, Hoitajantie 3, 40620 Jyväskylä.

 

NÄYTTEEN KÄSITTELY

Patologi valitsee tutkittavaksi toimitetusta materiaalista edustavan alueen siten, että kasvainsolujen tumien osuus pyritään saamaan riittävän suureksi (vähintään 20%). Patologi arvioi tumien osuuden kaikista tutkimusalueella olevista tumista, merkitsee sen vastaukseen ja ottaa huomioon näytteen edustavuutta arvioidessaan.

 

LÄHETE

Tutkimuspyynnöt tehdään sähköisesti ja pyynnöstä ilmoitetaan patologian yksikköön joko faksaamalla pyyntölomake (014 2692865) tai soittamalla puhelinnumeroon 51340.

Sairaanhoitopiirin ulkopuolelta tuleva tutkimuspyyntö tehdään erillisellä lähetteellä.

 

MENETELMÄ

Näytteestä eristetään RNA joka muunnetaan cDNA:ksi. Tutkittavat geenialueet monistetaan amplikonipohjaisella menetelmällä (Qiaseq RNAscan, Qiagen) ja emäsjärjestys määritetään sekvensoimalla näytteet Illuminan NextSeq500 laitteella. Datan analysointi suoritetaan Qiagenin CLC Genomics Workbench ohjelmistolla.

Tutkimuksella voidaan todeta geenifuusioita joissa toisena partnerina on ALK, BAG4, BRAF, CCDC6, CD74, CIAO1, COPA, CUX1, EGFR, EML4, ETV6, EZR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GOPC, HIP1, KIF5B, KLC1, LRIG3, MET, MPRIP, MRPS14, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RAD51, RET, ROS1, SDC4, SLC34A2, STRN, TACC3, TFG, TPM3, TPR, TRIM33 tai UBE3C. Menetelmä tunnistaa myös ennalta määrittelemättömiä/uusia geenifuusioita. Menetelmä tunnistaa myös eksonien skipping mutaatioita. NTRK2-geenin fuusioiden tunnistaminen voi olla heikko/puutteellinen.