TUTKIMUSOHJE

Patologia

9944  Ts-NGSsCa1

 

NGS-geenipaneelitutkimus tiettyjen kliinisesti merkittävien somaattisten DNA-mutaatioiden osoittamiseksi kudosnäytteestä

 

TIEDUSTELUT

Tekniikka:
014 2691740
Molekyylibiologi

Vastaukset:
014 2691540
Osastonsihteerit

  

INDIKAATIO

BRAF-, PDGFRA-, EGFR- (ERBB1), KRAS-, NRAS-, KIT- (CD117), PIK3CA- (p110-alpha), TP53- (p53), ERBB2- (HER-2, NEU), AKT1, ALK, CTNNB1, ERBB3, ESR1 (ERα), FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, MET, RAF1 ja RET–mutaatioiden osoittaminen kudosnäytteestä (valikoidut geenialueet).

Syöpäpaneeliin on yhdistetty mikrosatelliittialueiden sekvensointiin perustuva MSI-testi. 

Tutkimus korvaa aikaisemmin pyrosekvensointi- ja qPCR-menetelmillä mm. paksu- ja peräsuolisyöpänäytteistä tehdyt KRAS-, NRAS-, BRAF-tutkimukset, melanoomanäytteistä tehdyt BRAF-mutaatioanalyysit sekä keuhkosyövän kudosnäytteistä tehdyt EGFR-geenin tutkimukset.

  

NÄYTE

Patologian laboratorioon arkistoitu parafiiniblokki. Erillistä näytettä ei tarvita.

Jos tutkimuspyyntö on sairaanhoitopiirin ulkopuolelta, näytteeksi lähetetään parafiiniblokki ja sitä vastaava HE-lasi. Jos blokkia on leikattu paljon HE:n jälkeen, pyydetään blokista värjäämään uusi HE-lasi, joka vastaa blokin nykytilannetta. Näytteen edustavuuden arvioimiseksi on tärkeää, että käytettävissä on blokkia parhaiten edustava HE-lasi. Lähetteessä on syytä erikseen mainita, jos lähetettävä näytelasi ei edusta blokista viimeksi leikattuja näytteitä.

Lähettävän laboratorion patologi tekee arvion näytteen/leikkeen kasvainsolujen määrästä ja merkitsee edustavan kasvainkohdan lähetettävään HE-lasiin. Näytteen mukaan liitetään lähete , johon arvio kasvainsolujen määrästä kirjataan. Näyte lähetetään huoneenlämmössä.

Lähetys: Keski-Suomen sairaanhoitopiiri, Molekyylipatologia, Patologian osasto, Hoitajantie 3, 40620 Jyväskylä.

 

NÄYTTEEN KÄSITTELY

Patologi valitsee tutkittavaksi toimitetusta materiaalista edustavan alueen siten, että kasvainsolujen tumien osuus pyritään saamaan riittävän suureksi (vähintään 20%). Patologi arvioi tumien osuuden kaikista tutkimusalueella olevista tumista, merkitsee sen vastaukseen ja ottaa huomioon näytteen edustavuutta arvioidessaan.

 

LÄHETE

Tutkimuspyynnöt tehdään sähköisesti ja pyynnöstä ilmoitetaan patologian yksikköön joko faksaamalla pyyntölomake (014 2692865) tai soittamalla puhelinnumeroon 51340.

Sairaanhoitopiirin ulkopuolelta tuleva tutkimuspyyntö tehdään erillisellä lähetteellä .

 

MENETELMÄ

Saadusta näytteestä eristetään DNA ja eristetystä DNA:sta monistetaan tutkittavat geenialueet PCR-tekniikalla (Qiaseq: Human Actionable Solid Tumor Panel, Qiagen). Tutkittavien geenialueiden emäsjärjestys määritetään sekvensoimalla näytteet Illuminan NextSeq500 laitteella.

Tutkittavat geenit ja geenialueet, joista mahdolliset mutaatiot raportoidaan:

Koko koodaava alue: ERBB2 (HER-2, NEU), PIK3CA (p110-alpha) ja TP53 (p53).

Valikoidut eksonit: BRAF, PDGFRA, EGFR (ERBB1), KRAS, NRAS ja KIT (CD117).

”HotSpot” alueet: AKT1, ALK, CTNNB1, ERBB3, ESR1 (ERα), FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, MET (eksoni 19), RAF1, RET.

Tutkimuksella voidaan todeta yhden emäksen muutoksia (pistemutaatiot), pieniä insertioita ja deleetioita. Tutkimuksella ei voida todeta geenifuusioita (esim. ALK), suuria deleetioita tai insertioita eikä MET eksonin 14 skipping mutaatiota (Fuusiot ja skipping mutaatiot tutkitaan RNA paneeelilla RNAfuus 10113).

 

MSI-testi

MSI-testi on yhdistetty NGS syöpäpaneeliin Ts-NGSsCa1. Paksusuolensyövässä MSI tuloksesta annetaan aina lausunto, muissa tapauksissa vain pyydettäessä. MSI-testauksessa sekvensoidaan yhdeksän mikrosatelliittialuetta joiden instabiliteettia mitataan. Testattavat lokukset: BAT40(T)37, MONO-27(T)27, BAT26(A)27, NR24(T)23, BAT25(T)25, NR22(T)21, HSP110-T17(T)17, NR21(A)21, BAT34C4(A)18.

Tutkimuksessa käytetään seuraavia raja-arvoja:

-MSS (stabiili),  0-15% instabiileja lokuksia.

-MSI-low (MSI-L) 16-40% instabiileja lokuksia.

-MSI-high (MSI-H) yli 40% instabiileja lokuksia. Viittaa MMR-mekanismien toimimattomuuteen. Suositellaan MMR-proteiinien immunohistokemiallista värjäämistä.