Molekyylipatologia, nestebiopsia

Elimistön solut vapauttavat verenkiertoon ja ruumiinnesteisiin DNA:ta, tätä kutsutaan solunulkoiseksi tai soluvapaaksi DNA:ksi (eng. cell free DNA, lyhennettynä cfDNA). Myös syöpäsoluista vapautuu DNA:ta, joka mahdollistaa syöpämutaatioiden tutkimuksen esimerkiksi veren plasmasta. Solunulkoisen DNA:n tutkimuksen haasteena on se, että DNA:ta on yleensä hyvin vähän ja syöpäsolujen DNA:n osuus on yleensä vain murto-osa solunulkoisen DNA:n kokonaismäärästä. Tämä tarkoittaa että cfDNA-tutkimuksissa täytyy käyttää erityisen herkkiä menetelmiä.

KSSHP:n molekyylipatologian laboratoriossa on käytössä erityismenetelmät cfDNA-eristykseen. Mutaatioiden tutkimuksessa käytetään digitaalista PCR-tekniikkaa, joka on huomattavasti herkempi kuin perinteinen qPCR-tekniikka. Menetelmän etuna on myös se, että tutkimuksessa saadaan kvantitatiivinen arvo mutaation määrästä näytteessä. Digitaalista PCR-tekniikkaa voidaan hyödyntää myös hyvin niukoissa solu- ja kudosnäytteissä.

Nestebiopsiatutkimukset

B-EGFR-fD

Näyte: veren plasma.

Menetelmä: Solunulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä. Menetelmällä voidaan osoittaa yleisimmät aktivoivat EGFR-mutaatiot:

  • 15 erilaista EGFR eksonin 19 deleetiota.
  • EGFR c.2573T>G, aminohappomuutos p.Leu858Arg (p.L858R)
  • EGFR c.2369C>T, aminohappomuutos p.Thr790Met (p.T790M)
  • EGFR c.2582T>A, aminohappomuutos p.Leu861Gln (p.L861Q)

Saavutettavaan herkkyyteen vaikuttavat tutkittavan DNA:n kokonaismäärä ja mutaatiotyyppi. Vastauksessa ilmoitetaan saavutettu herkkyys ja todettu mutaatio (eksonin 19 deleetioissa ei voida ilmoittaa tarkkaa deleetiota).

Tutkimusohje

B-BRAF-fD

Näyte: veren plasma.

Menetelmä: Solunulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä.

Menetelmällä voidaan osoittaa BRAF-geenin eksoni 15 yleisimmät aktivoivat mutaatiot:

  • BRAF c.1799G>A , aminohappomuutos p.Val600Glu (p.V600E).
  • BRAF c.1798_1799GT>AA, aminohappomuutos p.Val600Lys (p.V600K).

Saavutettavaan herkkyyteen vaikuttavat tutkittavan DNA:n kokonaismäärä ja mutaatiotyyppi. Vastauksessa ilmoitetaan saavutettu herkkyys ja todettu mutaatio.

Tutkimusohje

B -KRAS-fD

Näyte: veren plasma.

Menetelmä: Solunulkoisen DNA:n eristys sekä alleelispesifinen ddPCR-menetelmä. Menetelmällä voidaan osoittaa KRAS-geenin yleisimmät aktivoivat mutaatiot:

  • KRAS c.35G>A, aminohappomuutos p.Gly12Asp (p.G12D)
  • KRAS c.35G>T, aminohappomuutos p.Gly12Val (p.G12V)
  • KRAS c.34G>T, aminohappomuutos p.Gly12Cys (p.G12C)
  • KRAS c.35G>C, aminohappomuutos p.Gly12Ala (p.G12A)
  • KRAS c.34G>A, aminohappomuutos p.Gly12Ser (p.G12S)
  • KRAS c.34G>C, aminohappomuutos p.Gly12Arg (p.G12R)
  • KRAS c.38G>A, aminohappomuutos p.Gly13Asp (p.G13D)

Saavutettavaan herkkyyteen vaikuttavat tutkittavan DNA:n kokonaismäärä ja mutaatiotyyppi. Vastauksessa ilmoitetaan saavutettu herkkyys ja todettu mutaatio.

Tutkimusohje